Ajurvedos medicinos šakos egzistuoja nuo pat pirmųjų ajurvedos mokyklų atsiradimo. Kiekviena iš jų užima tam tikrą vietą šiame moksle. Yra aštuonios pagrindinės ajurvedos šakos, kurios ir šiandien studijuojamos ajurvedos institutuose. Kiekviename skyriuje sujungiamos nepriklausomos ligų grupės.

1. Kaya chikitsa – terapija arba vidaus medicina. Apibūdina tai, kas susiję su siela, protu ir kūnu. Ši šaka tiria vidaus ligų diagnostiką ir gydymą naudojant vaistinius augalus, mineralus, mitybą ir gyvenimo būdą.
Aprašomi septyni konstitucijos tipai, kurie nurodo trijų došų (vata, pitta ir kapha) derinius, taip pat būdai, kaip nustatyti ligos priežastis ir šešis jos vystymosi etapus. Diagnostine prasme Kaya chikitsa neturi sau lygių, nes gali nustatyti ligą pačioje ankstyviausioje stadijoje ir net įspėti apie artėjančią ligą, nors net pažangiausi oficialiosios medicinos diagnostikos metodai dažnai nustato ligą tik tada, kai ji pasiekia penktąją ar šeštąją stadiją. “Kaya chikitsa” taip pat aprašoma daugiau kaip 2000 ajurvedinių augalų, pančakarma (apsivalymo ir atjauninimo sistema), per kurią skatinamas natūralus kūno atsinaujinimo procesas. Terapinis gydymas (kaya chikitsa) paprastai apimdavo tokius negalavimus kaip karščiavimas, gastritas, kosulys, inkstų skausmai. Buvo rekomenduojami vidiniai ir išoriniai vaistai bei dieta.

2. Bhuta vidja – psichiatrija ir psichologija. Nagrinėjami didesni ir mažesni psichikos sutrikimai, energetinis vampyrizmas, vidinių ir išorinių veiksnių sukeltas energetinis-informacinis užterštumas ir jų pasireiškimas įvairiomis formomis.
Paslaptingiausia ajurvedos sritis, susijusi su egzorcizmu ir raganavimu. Šiuolaikiniu požiūriu tai yra psichoterapija ir poveikis psichikai hipnozės būdu. Be vaistų, joje taip pat aprašoma kasdienė rutina ir įvairios jogos asanos, pranajama, mantros ir kt.

3. Šalakja tantra – oftalmologija ir laringologija. Ši sritis apima ausų, nosies ir gerklės ligų etiologijos, diagnostikos, prognozės, profilaktikos ir gydymo tyrimus. Šios atšakos įkūrėju laikomas Nimi Muni, todėl kartais ji vadinama Nimi tantra. Tekstai, skirti šioms žinioms, laikomi prarastais, o nedidelės šių žinių dalelės išbarstytos beveik visuose Kaya Chikitsa tekstuose.

4) Agada Tantra – toksikologija. Joje tiriamos, diagnozuojamos ir gydomos ligos, kurias sukelia ūmūs ir lėtiniai apsinuodijimai ir užkrėtimai, susiję su natūraliais ir sintetiniais nuodais, taip pat apsinuodijimai, kuriuos sukelia nuodingų gyvūnų ir vabzdžių įkandimai. Šios srities gydytojai saugo mineralinės, augalinės ir gyvulinės kilmės nuodų paslaptis ir žino viską apie sudėtingus ir dirbtinės kilmės nuodus, kurių gamtoje nėra. Pagal maisto išvaizdą ir kvapą šios Ajurvedos šakos gydytojai gali neabejotinai nustatyti, ar maistas užnuodytas, ar ne, o pagal žaizdos išvaizdą gali nustatyti, ar į ją pateko nuodų.

5. Kumara Tantra – pediatrija. Ginekologijos, akušerijos ir pediatrijos mokslas. Jos įkūrėjas yra Kašjapa Muni. Jame aprašoma kasdienė rutina, imuniteto stiprinimo būdai, vaiko lyties pasirinkimo apeigos, nėščiųjų toksikozės šalinimo būdai, apsauga nuo piktųjų dvasių poveikio, taip pat akušerinė priežiūra, įvairios apeigos vaikams iki dvylikos metų.

6. Shalya Tantra – chirurgija. Tiriamos chirurginės procedūros, atliekamos įvairiais chirurginiais instrumentais, įvairių organų ir audinių operacijos, kraujo nuleidimas, hirudoterapija ir akupunktūra. Pagrindinis tekstas yra “Sushruta Samhita”, kuriame išsamiai aprašomos sudėtingos chirurginės procedūros, taip pat etika, darbo tvarka ir chirurgo išvaizda. Pats Sušruta ir jo mokytojas Dhanvantari laikomi chirurgijos tėvais.

7. Rasayana chikitsa – kūno atjauninimas, regeneracija. Medicinos sritis, tirianti biologinius mechanizmus ir procesus, sukeliančius ir lydinčius senėjimą. Tai žinios apie žmogaus organizmo senėjimą ir mirtį, informacija apie mistinį žolelių, mineralų, gyvulinės kilmės produktų poveikį žmogaus organizmui, siekiant pratęsti jaunystę. Šios Ajurvedos šakos tikslas – sustabdyti žmogaus organizmo senėjimo procesą, kai jis pasiekia vidutinį amžių, naudojant specialiai parinktą mitybą, specialius pratimus, meditaciją, dievų garbinimą, specialių vaistų vartojimą.

8. Vadžikarana – tiria vyrų ir moterų lytinių organų sistemos ligas, gydo nevaisingumą ir lytinius sutrikimus, skatina lytinę potenciją ir gydo sėklinius sutrikimus. Jame pateikiama informacija apie afrodiziakus, meilės žaidimus, apsisaugojimo nuo nepageidaujamo nėštumo būdus, lytinių organų dydžio keitimo priemones, seksualinio malonumo pratęsimo būdus.